复旦大学创建于1905年，原名复旦公学，是中国人自主创办的第一所高等院校，创始人为中国近代知名教育家马相伯。校名“复旦”二字选自《尚书大传•虞夏传》中“日月光华，旦复旦兮”的名句，意在自强不息，寄托当时中国知识分子自主办学、教育强国的希望。

1917年复旦公学改名为私立复旦大学;1937年抗战爆发后，学校内迁重庆北碚，并于1941年改为“国立”;1946年迁回上海江湾原址;1952年全国高等学校院系调整后，复旦大学成为文理科综合大学;1959年与上海第一医学院(上海医学院前身)一起成为全国首批重点大学。 上海医科大学创建于1927年，是中国人自主创办的第一所高等医学院校。

建院时定名为第四中山大学医学院。 2000年，复旦大学与上海医科大学合并，成立新的复旦大学，进一步拓宽了学校的学科结构，形成了文理医三足鼎立的学科格局，办学实力进一步增强。作为全国首批“211工程”、“985工程”高校，复旦已经发展成为一所拥有哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、医学、管理学等十个学科门类的综合性研究型大学。 目前，学校有普通本专科生1.41万人，研究生1.48万人，其中含学历留学生近3000人。学校有教职工5800人，其中专任教师2700人。学校有中国科学院、中国工程院院士34人，教育部“长江学者奖励计划”特聘教授99人，“国家重点基础研究发展计划(含重大科学研究计划)”项目首席科学家30 人。学校有直属院(系)28个，设有本科专业70个，一级学科博士学位授权点35个，博士学位授权学科、专业点154个，硕士学位授权学科、专业点229 个，并设有29个博士后科研流动站。学校有11个一级学科国家重点学科、19个二级学科国家重点学科。

学校有各类科研机构近300个，其中国家重点实验室 5个，省部级以上重点实验室38个及若干个工程中心，“985工程”科技创新平台5个，“985工程”哲学社会科学创新基地7个。 学校图书馆有馆藏文献519万册，馆藏数列国内高校前茅。其中线装古籍40万册(包括善本6万册)，年订购中西文纸本期刊 7000 余种，可使用的电子图书近200万种、中西文全文电子期刊近3.5万余种，各类数据库近300种。 学校已经形成“一体两翼”的校园格局：即以邯郸路校区、江湾新校区为一体，以枫林校区、张江校区为两翼。占地面积244.32万平方米，校舍建筑面积 149.23万平方米。此外，学校还拥有中山医院、华山医院等11个附属医院，医护员工近1.5万人。

2005年复旦大学百年华诞。中共中央总书记、国家主席、中央军委主席胡锦涛发来贺信，希望复旦大学发扬优良传统，不断开拓创新，努力建设成为具有世界一流水平的社会主义综合性大学，为建设中国特色社会主义伟大事业培养更多德才兼备的高素质人才，为全面建设小康社会、实现中华民族的伟大复兴作出新的更大的贡献。 一百多年来，学校在培养人才、创新科技、传承文明、服务社会方面为国家作出突出贡献。复旦师生谨记“博学而笃志，切问而近思”的校训;严守“文明、健康、团结、奋发”的校风;力行“刻苦、严谨、求实、创新”的学风，发扬“爱国奉献、学术独立、海纳百川、追求卓越”的复旦精神，为民族的解放和振兴，国家的建设和发展，社会的文明和进步作出重要贡献。